# Macro de IRAF para reducir y alinear imagenes
# DEBEN estar los ficheros de texto "entrada" y "out"
# Tambien el fichero "recorte" si hace falta
# CAMBIA el nombre de la IMAGEN FINAL e imagen de FLATS para cada caso
#
# fichero BIAS: bias.fits
#
# Recordar cargar tables y ttools

# tables
# ttools
#

# ejecutar con: cl < todo.cl


##### REDUCIR #######

imdel ("@out")

#restar BIAS
imarith @entrada - biasr @out

#recortar imagenes (si hace falta)
#imcopy @recorte @out

#dividir por FLAT: CAMBIAR 
imarith @out / nflats2 @out

imhead @out

###### ALINEAR ######


#CAMBIAR estos 3 parametros:

int primera = 1    # primera imagen k1,k2,k3...
int posiciones = 3  # n'umero de imagenes totales
s2 = 'burbujas2'       # cadena con el nombre del objeto y filtro


del ("p_ali")
for (i = primera; i < primera + posiciones; i=i+1)  {

print ("p"//i, >> "p_ali")

}


# presiona "a" en la * de referencia y despu'es pulsa "n"
# =)
del ("coor"); imexam ("@out", keeplog=yes, logfile="coor")


# Creaci'on del fichero de desplazamientos

del ("xey"); fields (files="coor",fields="1-2", > "xey")

head ("xey", n=1) | scan (x, y)  # first

del ("coo_ref"); print (x,y, >> "coo_ref")

del ("sx"); print (x, "-C1", >> "sx")
del ("sy"); print (y, "-C2", >> "sy")

tcalc (table="xey", outcol="C1", equals="@sx")
tcalc (table="xey", outcol="C2", equals="@sy")

del ("shifts")

head ("xey", n=1) | scan (x,y)  # second


 print (x, y, >> "shifts")


for (k = 2; k <= posiciones; k=k+1)  {


  tail ("xey", n=-k+1) | head n=1 | scan (x,y)
  print (x, y, >> "shifts")


}


# alineamiento

imalign (input="@out", reference="k"//primera,
    coords="coo_ref", output="@p_ali", shifts="shifts",
    boxsize=9, bigbox=11, interp_type="linear", niterat=6, trimimages=yes)


# combinaci'on final

imdel ("z"//s2)
imcombine ("@p_ali", "z"//s2, combine="median",
    reject="minmax", nlow=1, nhigh=1, zero="mode")


# imagen de salida

display ("z"//s2,1)


# borra las im'agenes de pasos intermedios

imdel ("@p_ali")



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